תחום ניטור האוויר אחראי על הפעלת מערך ניטור איכות האוויר של האיגוד, הכולל 23 תחנות ניטור אוויר הפרוסות במרחב האיגוד. התחום מבצע ניטור רציף של מזהמי אוויר, חלקיקים נשימים, תרכובות אורגניות נדיפות ופרמטרים מטאורולוגיים, תוך הקפדה על אמינות הנתונים ואיכותם.

תחום האנרגיה עוסק במעקב אחר פעילות תחנות הכוח ומקורות הפליטה המשמעותיים במרחב האיגוד, בניתוח נתוני ייצור אנרגיה ופליטות מזהמים, בבחינת עמידה בהיתרי פליטה ובהערכת ההשפעות הסביבתיות של מתקני אנרגיה קיימים ומתוכננים.

התחום מלווה תוכניות להקמת תחנות כוח ומתקני אנרגיה, מכין חוות דעת מקצועיות, משתתף בהליכי תכנון ורגולציה, ומספק תמיכה מקצועית לרשויות ולמקבלי ההחלטות במטרה לשמור על איכות האוויר ולצמצם את ההשפעות הסביבתיות של משק האנרגיה.